В начале 2000-х Мария Шукшина возвращается в кинематографию. Она снимается в сериалах " Идеальная пара", "Люди и тени. Секреты кукольного театра" , где играет главную роль : "Моя героиня совсем не похожа на меня - у нее другие манеры, походка. Она женщина страстная, роковая, этакая настоящая вамп. И роль строится в большом эмоциональном диапазоне. Это чрезвычайно интересно. Моя вамп - правая рука главного злодея, которого играет сам Всеволод Николаевич. И по ходу сюжета ей приходится всячески пакостить хорошим людям. Делает это она с наслаждением".

С 2004 года Марию Шукшину можно увидеть в кинолентах давольно часто. Актриса говорит, что любит экспарименты в профессии : "Как актрисе мне это очень интересно, потому что расширяется диапазон. Без них и жизнь, и работа были бы скучными. Каждая новая роль - новый характер. Хочется сыграть так, чтобы тебя не только внешне не узнали, но и по манере игры". Шукшина снялась в таких известных фильмах, как : "Американская дочь " ( 1995) ," Идеальная пара" ( 2001),"Люди и тени"(2001),"Приключения мага"(2002), " Дорогая Маша Березина"(2004),"Брежнев"(2005),"Похороните меня за плинтусом"(2009),"Утомлённые солнцем 2: Предстояние"(2010) и многих других.  

 Мария Шукшина дважды была замужем. Первый муж - однокурсник Артем. От него Мария воспитывает дочь Анну. Второй муж тоже учился с Шукшиной в одном институте _ Алексей Касаткин.у них с Машей сын Макар, которого после расставания Алексей пытался похитить у Марии. Отцом близнецов Фомы и Фоки стал юрист Борис Вишняков.

Маша счастливая мать и утверждает: «Дети для меня - все. Я живу для них, ухаживаю за собой, работаю, развиваюсь, чтобы им не было стыдно за меня».